Su primera misión es ir hasta Perú, y adentrarse en la mítica "Ciudad de Qualopec", una antigua ciudad Inca, y encontrar la primera pieza del Scion. Con un guía encontrara la entrada a la ciudad perdida. Larson le dijo a Lara que Natla havia enviado a Pierre para encontrar las otras dos piezas del Scion en (St. Francis' Folly). Después de eso, Larson buscara a Lara para matarla, y quitarle la preciada pieza del Scion.

Lara va a las oficinas de Natla y busca la información para encontrar la siguiente pieza del Scion. Lara esta leyendo unos jeroglíficos egipcios de la pared y de la tapa de una tumba, cuando descubre la forma de unir el Scion, y en el momento que decide juntar las dos piezas es llevada a un sueño sobre el Atlantis, donde ve los antiguos rituales que se practicaban. El sueño le muestra donde esta localizada la ultima pieza del Scion...en las ruinas del viejo Egipto.

Conduciendo una motocicleta, ella va en busca de la ultima pieza. Cuando sale de la cueva, deslumbrada por el sol, no consigue darse cuenta de las verdaderas intenciones de los hombre contratados por Natla. Uno de ellos, el Cowboy, le coge a Lara sus pistolas y las tres piezas del Scion. El Cowboy le muestra el Scion a Natla y ella ordena que maten a Lara. Pero ella se escapa saltando por un precipicio hacia el rió. Una vez Natla y sus compañeros se han ido, Lara vuelve a donde esta su motocicleta y les alcanza. Entonces ella llega a un embarcadero y se da cuenta de que la tropa de Natla tiene un yate y están a punto de partir.

Usando su motocicleta, acelera y salta al agua, después nadando alcanza el yate y sube a el evitando a los guardaespaldas de Natla. Una vez en el bote, busca un escondite donde dormir. Cuando se despierta, el yate esta parado al lado de una isla. La siguiente vez que Lara ve a Natla, es cuando ella esta poniendo el Scion en un pedestal de rituales viejo, que suspende el Scion en un campo gravitatorio magnético, cuando este de repente empieza a girar y activa una cuenta atrás. La montaña se mueve y revela la Pirámide de Atlantis. Lara se acerca hasta la misma mesa donde estaba Natla y entra en otro sueño con rituales del viejo Atlantis con Natla siendo poseída por los poderes del Scion.

Cuando da un paso para atrás, Natla se enfrenta a ella mostrando los poderes del Scion. Cuando la cuenta atrás pasa, Lara apunta con las pistolas a Natla pero esta la empuja hacia el final de la plataforma. Lara se agarra a la plataforma mientras Natla cae hacia su eminente muerte. De repente, la pieza de la parte de arriba de la pirámide empieza a moverse y a hundirse. Es cuando Lara escapa de la Pirámide por una rampa oscura y al final la Atlantis explota. Por ultimo vemos a nuestra heroína nadando hacia el yate y escapando en el. Y aquí termina esta intrépida aventura del Scion.

En su búsqueda del Scion Lara visitara lugares exóticos y llenos de misterio, tales como Perú, unas Ruinas Incas, la Roma antigua, las pirámides de Egipto, e incluso la ciudad perdida de Atlántis.